La contribución del Instituto de la Patagonia a la generación de conocimiento se refleja tanto en las publicaciones que han nacido bajo su amparo, como de las innumerables actividades que ha cobijado. Destacan desde 1970 la revista Magallania (antigua Anales del Instituto de la Patagonia), en la que han escrito profesionales de diversas instituciones nacionales como internacionales. También su labor archivística se destaca, con proyectos como la Biblioteca Digital Aike y colecciones importantes como el Pabellón Profesor Edmundo Pisano, que resguarda ejemplares de la flora y fauna regionales. Algo similar sucede con el ejercicio de preservación del Centro de Estudios de Historia y Arqueología (CEHA), cuyo material es utilizado o consultado permanentemente por investigadores nacionales y extranjeros.
Actualmente, en sus centros de investigación trabajan 45 científicos de distintas disciplinas que abordan las más diversas problemáticas, como la habitabilidad del territorio desde tiempos remotos hasta la actualidad, el impacto del cambio climático y la industria en los ecosistemas, la identidad regional, entre otros.
