El Instituto de la Patagonia fue fundado en 1969 por el historiador Mateo Martinic Beros (Premio Nacional de Historia, 2000) quien era Intendente en aquel entonces. Se pensó desde sus inicios como un centro de interés multidisciplinario, cuyo objetivo principal era ampliar el conocimiento sobre la región de Magallanes.
El mismo año de su fundación surge el Centro de Estudios de Historia y Arqueología (CEHA), antiguo Centros de Estudios del Hombre Austral, con la misión de estudiar la presencia humana a lo largo del tiempo y preservar los restos arqueológicos que se encontraban en la región. En 1970 se publicó la primera edición de la revista científica “Anales de la Patagonia” con el propósito de divulgar las investigaciones desarrolladas en este incipiente centro de estudios. Esta publicación perdura hasta la actualidad y es de acceso público, gratuito y digital a toda la comunidad desde su primer volúmen al igual que las revistas Magallania y Sophia Austral, también pertenecientes al Instituto de la Patagonia.
El interés de la comunidad por este instituto de estudios regionales se hizo notar desde el primer momento. Algunas familias comenzaron a realizar donaciones de diferentes objetos de valor patrimonial: desde herramientas y utensilios domésticos, hasta carruajes y casas completas, lo que llevó a la creación del Museo del Recuerdo en 1971.
Una de las misiones más importantes del Instituto de la Patagonia es estudiar los ecosistemas del territorio austral. Gracias a ello, en 1972 nace el Centro de Experimentación en Horticultura y Floricultura liderado por Lothar Blunk. Este ingeniero horticultor buscaba instalar una serie de prácticas hortícolas para la creación de nuevas técnicas de cultivo y la adaptación de frutas y verduras que la región no conocía. Actualmente, el Centro Hortícola lleva el nombre de este destacado investigador.
En 1985 el Instituto de la Patagonia fue incorporado a la Universidad de Magallanes, la casa de estudios más austral de Chile y con presencia en el vasto territorio de Fuego-Patagonia. Con este proceso se sumaron más áreas de estudio, lo que convierte a este Instituto en un punto de encuentro multidisciplinar único en la región y del país.
En la actualidad lo componen seis centros de investigación que contribuyen a la generación constante de conocimiento, divulgación e innovación:
- CIGA (Centro de Investigación GAIA Antártica)
- CEHA (Centro de Estudios de Historia y Arqueología)
- Área de Biología
- Zoología
- Entomología
- Hidrobiología
- Laboratorio de Ecología Funcional
- Botánica
- Área de Geociencias
- Centro de Horticultura y Floricultura “Lothar Blunck”
- GEA (Grupo de Estudios Ambientales)
Estos centros albergan importantes colecciones de arqueología, paleontología, antropología, botánica, archivo fotográfico regional, entre otros. Dentro de sus objetivos se encuentra el desarrollo y difusión de las ciencias humanas y naturales, la reflexión sobre el acontecer humano en el tiempo, además de estudiar y relevar los ecosistemas de la Patagonia.